La iglesia de San Juan de Rabanera es una de las 35 parroquias que aparecen en el censo de Alfonso X el Sabio realizado en el año 1270.
La iglesia románica original tiene planta de cruz latina, nave de tres tramos, ábside semicircular precedido de un presbiterio rectangular y transepto marcado en planta. En el siglo XV se añadieron junto al crucero, dos capillas cuadrangulares.
La iglesia, raro ejemplo dentro de la arquitectura románica soriana, tiene planta de cruz latina; amplio presbiterio; ábside en hemiciclo y dos absidiolos no ostensibles al exterior embebidos en el muro oriental de ambos brazos del transepto; transepto de anchura similar a la de la nave para originar un crucero sensiblemente cuadrado aunque algo distorsionado por las deformaciones geométricas de la planta; nave única de tres tramos; dos capillas añadidas en el siglo XV a uno y otro lado de la nave central, adosadas al muro occidental del transepto; un husillo que aloja la escalera de acceso a la torre levantada sobre el crucero en el siglo XVI.
El ábside forma un hemiciclo de originalísimo aspecto externo. Lleva adosadas tres pilastras, a modo de contrafuertes, que son lisas de sección rectangular en el tramo inferior hasta la imposta baquetonada que corre por debajo de las ventanas, y estriadas de igual sección en el tramo superior hasta la cornisa.
La iglesia cuenta con una soberbia portada, pero no es propia sino cedida. En efecto, ante el estado de ruina irreversible en que se encontraba la iglesia de San Nicolás de la misma ciudad de Soria, se decidió en 1908 trasladar su portada a la iglesia de San Juan de Rabanera donde hoy luce. Consta de cuatro arquivoltas lisas, excepto la interior, que apoyan sobre capiteles decorados con escenas pertenecientes al Nuevo Testamento (los cuatro de la izquierda) y relativos a la vida de San Nicolás (los de la derecha).