Erigida en honor del santo protector contra la peste, en la ladera meridional del “monte de Christo”, solar de la antigua Abdera, bajo el pavimento del espacio que le precede se conserva parte de una factoría de salazón de pescado de época romana.
Se sabe que en 1591 se encontraba con el techo roto, lo que permite sospechar que existía antes de la rebelión de los Moriscos de 1568. Su reedificación en 1680 guarda relación con el cese de la epidemia de peste que asoló Adra el año anterior.
A mediados del s. XVIII fue ampliada por la cabecera y reconstruida la nave. Coincidiendo con estas obras, el sacerdote abderitano José Valverde Carreño, que fue capellán y contador del Sacromonte granadino, colocó numerosas lápidas romanas en la portada, junto con unas huellas grabadas procedentes de las murallas y atribuidas a San Tesifón. Además del emplazamiento de tales huellas, también se cambió el supuesto origen de las mismas: en 1794, Castañeda Godoy anota que el apóstol Santiago estampó sus plantas en esta piedra, “para dejarnos una señal nada equívoca de su venida”.
Bajo las huellas, se conserva una inscripción latina con texto de San Pablo (Romanos, 10-15) y de Isaías (52-7): “Qué hermosos son sobre los montes / los pies del mensajero / que anuncia la paz / que te trae la buena nueva”.
Apoyándose en el prestigio de los restos arqueológicos de Abdera, se intentó así legitimar la tradición del desembarco de Santiago y los Varones Apostólicos en nuestra población. Las lápidas auténticas y falsas, colocadas en un mismo espacio, servían para confirmar la autenticidad de un glorioso pasado sagrado.
En 1941, al restaurar la ermita los armadores y pescadores abderitanos, la mayoría de aquellas lápidas fueron trasladadas al Museo Arqueológico de Almería. Como en tantos otros casos, la devoción a San Sebastián fue desplazada por una advocación mariana. En la actualidad, el retablo mayor está presidido por la imagen de la Virgen del Mar, patrona de Adra.