Monumento histórico de gran interés cultural, reconocida como la pequeña catedral de la campiña cordobesa. La iglesia de Santa Marina de Aguas Santas es uno de los lugares más destacados de nuestro municipio, destaca la plaza de la iglesia que es un importante centro radial en torno al cual se configura el núcleo más primitivo de la población. En ella se alza el único centro parroquial de Fernán Núñez.
La fachada de la Iglesia de Santa Marina fue realizada en el siglo XIV, cuando don Diego Gutiérrez de los Ríos y su esposa, pidieron licencia al obispo para construir una nueva iglesia en la fortaleza de Fernán Núñez a fin de trasladar la población de Abén-Cález, muy hostigada por las incursiones moriscas, a las cercanías de la fortaleza. Se concedió la licencia el día 13 de febrero de 1385. La primitiva parroquia estaba anexa a la fortaleza, ésta construcción era muy pobre y difería en su orientación con la actual. De la primitiva parroquia solo queda la torre de la fortaleza que fue convertida en campanario y que aún conserva su primitiva estructura. En el exterior se conservan unos caracteres epigráficos góticos y unos elementos decorativos basados en bolas y restos de almenas. Esta primitiva parroquia subsistió hasta 1724 año en que se declaro en ruinas, trasladando los cultos a la Ermita de la Caridad e iniciándose la reedificación de la actual iglesia.
Es por orden del prelado Don Marcelino Siuri quien manda su cierre y demolición, iniciándose las obras en el año 1724, dirigidas por don Tomas de Predraxas. El templo fue terminado para el año 1739, celebrándose el primer bautizo el día1 de enero de 1740. Su estilo es netamente barroco, según las tendencias arquitectónicas de la época. La nave central es muy amplia y está cubierta por un hermosa bóveda de la que, en el centro del crucero, sobresale la cúpula del presbiterio, con preciosas pinturas murales representativas de los más destacados doctores de la iglesia. En las alas laterales, mucho más estrechas que la nave central, pueden admirarse gran número de capillas, algunas de gran interés artístico.
Entre los retablos sobresalen el altar mayor y los colocados en los lados de la Epístola y el Evangelio, de gran belleza. Hay otros retablos más pequeños, como los que pertenecían a los altares de las Benditas Ánimas y de Nuestra Señora de la Cabeza, tallados en madera y finamente decorados.